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Cuando un coágulo o trombo se aloja en una vena, el proceso es distinto que la trombosis arterial, y se denomina tromboflebitis (del griego flebos = vena).
La tromboflebitis ocurre generalmente en las extremidades, sobre todo en las piernas, y puede afectar a las venas profundas, o a las venas superficiales. Es más frecuente si se ha estado en cama mucho tiempo (como ocurre en operados, paralíticos, etc), o si se han tomado hormonas femeninas o estrógenos (anticonceptivos, etc.). También si se ha estado sentado e inmóvil de forma muy prolongada (durante largos viajes en coche o en avión, por ejemplo), pueden producirse trombosis venosas más fácilmente.

La tromboflebitis superficial es de muy buen pronóstico. Sólo requiere tratamiento con elevación del miembro y un antiinflamatorio.
La tromboflebitis profunda tiene un peligro asociado, la embolia pulmonar o tromboembolismo pulmonar, eventualidad muy grave que hay que tratar desde el primer momento con medicamentos anticoagulantes, generalmente heparina primero y después, cuando ya ha pasado la fase aguda, un anticoagulante oral tipo Sintrom® para prevenir que se vuelva a repetir.
La cirugía se emplea en caso de trombosis venosas profundas repetidas. La vena cava, que es la vena principal del abdomen, por la que drenan las piernas su sangre hasta el corazón derecho, puede ser parcialmente "atada" (clampada, según el término empleado por los cirujanos vasculares), de forma que los trombos de las piernas no lleguen al corazón derecho ni, por tanto, a la circulación pulmonar. Con el mismo propósito, a veces se inserta un filtro o "paraguas" en la vena cava inferior mediante cateterización venosa, es decir, sin cirugía.